This file is indexed.

/usr/lib/R/site-library/AnnotationDbi/extdata/Inp_species_mapping is in r-bioc-annotationdbi 1.26.1-1.

This file is owned by root:root, with mode 0o644.

The actual contents of the file can be viewed below.

  1
  2
  3
  4
  5
  6
  7
  8
  9
 10
 11
 12
 13
 14
 15
 16
 17
 18
 19
 20
 21
 22
 23
 24
 25
 26
 27
 28
 29
 30
 31
 32
 33
 34
 35
 36
 37
 38
 39
 40
 41
 42
 43
 44
 45
 46
 47
 48
 49
 50
 51
 52
 53
 54
 55
 56
 57
 58
 59
 60
 61
 62
 63
 64
 65
 66
 67
 68
 69
 70
 71
 72
 73
 74
 75
 76
 77
 78
 79
 80
 81
 82
 83
 84
 85
 86
 87
 88
 89
 90
 91
 92
 93
 94
 95
 96
 97
 98
 99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
tableNames	GenusAndSpecies	taxID	inparanoidSpecies	fives	shortInpName
Acromyrmex_echinatior	Acromyrmex echinatior	103372	A.echinatior	NA	A.echinatior
Acyrthosiphon_pisum	Acyrthosiphon pisum	7029	A.pisum	ACYPI	A.pisum
Aedes_aegypti	Aedes aegypti	7159	A.aegypti	AEDAE	A.aegypti
Agaricus_bisporus	Agaricus bisporus	597362	A.bisporus	NA	A.bisporus
Ailuropoda_melanoleuca	Ailuropoda melanoleuca	9646	A.melanoleuca	NA	A.melanoleuca
Ajellomyces_capsulata	Ajellomyces capsulata	447093	A.capsulata	NA	A.capsulata
Amphimedon_queenslandica	Amphimedon queenslandica	400682	A.queenslandica	NA	A.queenslandica
Anolis_carolinensis	Anolis carolinensis	28377	A.carolinensis	NA	A.carolinensis
Anopheles_darlingi	Anopheles darlingi	43151	A.darlingi	NA	A.darlingi
Anopheles_gambiae	Anopheles gambiae	7165	A.gambiae	ANOGA	A.gambiae
Apis_mellifera	Apis mellifera	7460	A.mellifera	APIME	A.mellifera
Aquifex_aeolicus	Aquifex aeolicus	224324	A.aeolicus	NA	A.aeolicus
Arabidopsis_thaliana	Arabidopsis thaliana	3702	A.thaliana	ARATH	A.thaliana
Arthrobotrys_oligospora	Arthrobotrys oligospora	756982	A.oligospora	NA	A.oligospora
Arthroderma_gypseum	Arthroderma gypseum	535722	A.gypseum	NA	A.gypseum
Ashbya_gossypii	Ashbya gossypii	284811	A.gossypii	NA	A.gossypii
Aspergillus_kawachii	Aspergillus kawachii	1033177	A.kawachii	NA	A.kawachii
Atta_cephalotes	Atta cephalotes	12957	A.cephalotes	NA	A.cephalotes
Aureococcus_anophagefferens	Aureococcus anophagefferens	44056	A.anophagefferens	NA	A.anophagefferens
Auricularia_delicata	Auricularia delicata	717982	A.delicata	NA	A.delicata
Babesia_bovis	Babesia bovis	5865	B.bovis	NA	B.bovis
Bacillus_subtilis	Bacillus subtilis	224308	B.subtilis	NA	B.subtilis
Bacteroides_thetaiotaomicron	Bacteroides thetaiotaomicron	226186	B.thetaiotaomicron	NA	B.thetaiotaomicron
Batrachochytrium_dendrobatidis	Batrachochytrium dendrobatidis	684364	B.dendrobatidis	BATDE	B.dendrobatidis
Beauveria_bassiana	Beauveria bassiana	655819	B.bassiana	NA	B.bassiana
Blastocystis_hominis	Blastocystis hominis	12968	B.hominis	NA	B.hominis
Bombyx_mori	Bombyx mori	7091	B.mori	BOMMO	B.mori
Bos_taurus	Bos taurus	9913	B.taurus	BOSTA	B.taurus
Botryotinia_fuckeliana	Botryotinia fuckeliana	999810	B.fuckeliana	NA	B.fuckeliana
Brachypodium_distachyon	Brachypodium distachyon	15368	B.distachyon	NA	B.distachyon
Bradyrhizobium_japonicum	Bradyrhizobium japonicum	224911	B.japonicum	NA	B.japonicum
Branchiostoma_floridae	Branchiostoma floridae	7739	B.floridae	BRAFL	B.floridae
Brassica_rapa	Brassica rapa	51351	B.rapa	NA	B.rapa
Brugia_malayi	Brugia malayi	6279	B.malayi	BRUMA	B.malayi
Caenorhabditis_brenneri	Caenorhabditis brenneri	135651	C.brenneri	CAEBRE	C.brenneri
Caenorhabditis_briggsae	Caenorhabditis briggsae	6238	C.briggsae	CAEBR	C.briggsae
Caenorhabditis_elegans	Caenorhabditis elegans	6239	C.elegans	CAEEL	C.elegans
Caenorhabditis_japonica	Caenorhabditis japonica	281687	C.japonica	CAEJA	C.japonica
Caenorhabditis_remanei	Caenorhabditis remanei	31234	C.remanei	CAERE	C.remanei
Callithrix_jacchus	Callithrix jacchus	9483	C.jacchus	NA	C.jacchus
Camponotus_floridanus	Camponotus floridanus	104421	C.floridanus	NA	C.floridanus
Candida_albicans	Candida albicans	237561	C.albicans	CANAL	C.albicans
Candida_glabrata	Candida glabrata	284593	C.glabrata	CANGL	C.glabrata
Canis_familiaris	Canis familiaris	9615	C.familiaris	CANFA	C.familiaris
Capsaspora_owczarzaki	Capsaspora owczarzaki	595528	C.owczarzaki	NA	C.owczarzaki
Cavia_porcellus	Cavia porcellus	10141	C.porcellus	CAVPO	C.porcellus
Chaetomium_globosum	Chaetomium globosum	306901	C.globosum	NA	C.globosum
Chlamydia_trachomatis	Chlamydia trachomatis	272561	C.trachomatis	NA	C.trachomatis
Chlamydomonas_reinhardtii	Chlamydomonas reinhardtii	3055	C.reinhardtii	CHLRE	C.reinhardtii
Chlorella_variabilis	Chlorella variabilis	554065	C.variabilis	NA	C.variabilis
Chloroflexus_aurantiacus	Chloroflexus aurantiacus	324602	C.aurantiacus	NA	C.aurantiacus
Ciona_intestinalis	Ciona intestinalis	7719	C.intestinalis	CIOIN	C.intestinalis
Ciona_savignyi	Ciona savignyi	51511	C.savignyi	CIOSA	C.savignyi
Clavispora_lusitaniae	Clavispora lusitaniae	306902	C.lusitaniae	NA	C.lusitaniae
Clonorchis_sinensis	Clonorchis sinensis	79923	C.sinensis	NA	C.sinensis
Coccidioides_immitis	Coccidioides immitis	246410	C.immitis	COCIM	C.immitis
Colletotrichum_gloeosporioides	Colletotrichum gloeosporioides	1213859	C.gloeosporioides	NA	C.gloeosporioides
Coprinopsis_cinerea	Coprinopsis cinerea	240176	C.cinerea	COPCI	C.cinerea
Cordyceps_militaris	Cordyceps militaris	983644	C.militaris	NA	C.militaris
Crassostrea_gigas	Crassostrea gigas	29159	C.gigas	NA	C.gigas
Cricetulus_griseus	Cricetulus griseus	10029	C.griseus	NA	C.griseus
Cryptococcus_neoformans	Cryptococcus neoformans	214684	C.neoformans	CRYNE	C.neoformans
Cryptosporidium_hominis	Cryptosporidium hominis	237895	C.hominis	CRYHO	C.hominis
Cryptosporidium_parvum	Cryptosporidium parvum	353152	C.parvum	CRYPA	C.parvum
Culex_quinquefasciatus	Culex quinquefasciatus	7176	C.quinquefasciatus	CULPI	C.quinquefasciatus
Danaus_plexippus	Danaus plexippus	13037	D.plexippus	NA	D.plexippus
Danio_rerio	Danio rerio	7955	D.rerio	DANRE	D.rerio
Daphnia_pulex	Daphnia pulex	6669	D.pulex	DAPPU	D.pulex
Debaryomyces_hansenii	Debaryomyces hansenii	284592	D.hansenii	DEBHA	D.hansenii
Deinococcus_radiodurans	Deinococcus radiodurans	243230	D.radiodurans	NA	D.radiodurans
Dictyoglomus_turgidum	Dictyoglomus turgidum	515635	D.turgidum	NA	D.turgidum
Dictyostelium_discoideum	Dictyostelium discoideum	44689	D.discoideum	DICDI	D.discoideum
Dictyostelium_purpureum	Dictyostelium purpureum	5786	D.purpureum	NA	D.purpureum
Drosophila_ananassae	Drosophila ananassae	7217	D.ananassae	DROAN	D.ananassae
Drosophila_grimshawi	Drosophila grimshawi	7222	D.grimshawi	DROGR	D.grimshawi
Drosophila_melanogaster	Drosophila melanogaster	7227	D.melanogaster	DROME	D.melanogaster
Drosophila_mojavensis	Drosophila mojavensis	7230	D.mojavensis	DROMO	D.mojavensis
Drosophila_pseudoobscura_pseudoobscura	Drosophila pseudoobscura pseudoobscura	46245	D.pseudoobscura	DROPS	D.pseudoobscura
Drosophila_virilis	Drosophila virilis	7244	D.virilis	DROVI	D.virilis
Drosophila_willistoni	Drosophila willistoni	7260	D.willistoni	DROWI	D.willistoni
Ectocarpus_siliculosus	Ectocarpus siliculosus	2880	E.siliculosus	NA	E.siliculosus
Edhazardia_aedis	Edhazardia aedis	1003232	E.aedis	NA	E.aedis
Emericella_nidulans	Emericella nidulans	227321	E.nidulans	NA	E.nidulans
Encephalitozoon_cuniculi	Encephalitozoon cuniculi	284813	E.cuniculi	NA	E.cuniculi
Entamoeba_histolytica	Entamoeba histolytica	5759	E.histolytica	ENTHI	E.histolytica
Enterocytozoon_bieneusi	Enterocytozoon bieneusi	481877	E.bieneusi	NA	E.bieneusi
Equus_caballus	Equus caballus	9796	E.caballus	EQUCA	E.caballus
Eremothecium_cymbalariae	Eremothecium cymbalariae	931890	E.cymbalariae	NA	E.cymbalariae
Escherichia_coli	Escherichia coli	83333	E.coli	ESCCO	E.coli
Exophiala_dermatitidis	Exophiala dermatitidis	858893	E.dermatitidis	NA	E.dermatitidis
Felis_catus	Felis catus	9685	F.catus	NA	F.catus
Fibroporia_radiculosa	Fibroporia radiculosa	1078123	F.radiculosa	NA	F.radiculosa
Fusarium_pseudograminearum	Fusarium pseudograminearum	1028729	F.pseudograminearum	NA	F.pseudograminearum
Fusobacterium_nucleatum	Fusobacterium nucleatum	190304	F.nucleatum	NA	F.nucleatum
Gaeumannomyces_graminis	Gaeumannomyces graminis	644352	G.graminis	NA	G.graminis
Gallus_gallus	Gallus gallus	9031	G.gallus	GALGA	G.gallus
Gasterosteus_aculeatus	Gasterosteus aculeatus	69293	G.aculeatus	GASAC	G.aculeatus
Geobacter_sulfurreducens	Geobacter sulfurreducens	243231	G.sulfurreducens	NA	G.sulfurreducens
Giardia_intestinalis	Giardia intestinalis	184922	G.intestinalis	GIALA	G.intestinalis
Gibberella_zeae	Gibberella zeae	229533	G.zeae	NA	G.zeae
Glarea_lozoyensis	Glarea lozoyensis	1104152	G.lozoyensis	NA	G.lozoyensis
Gloeobacter_violaceus	Gloeobacter violaceus	251221	G.violaceus	NA	G.violaceus
Glycine_max	Glycine max	3847	G.max	NA	G.max
Gorilla_gorilla_gorilla	Gorilla gorilla gorilla	9595	G.gorilla	NA	G.gorilla
Grosmannia_clavigera	Grosmannia clavigera	655863	G.clavigera	NA	G.clavigera
Halobacterium_salinarum	Halobacterium salinarum	64091	H.salinarum	NA	H.salinarum
Harpegnathos_saltator	Harpegnathos saltator	610380	H.saltator	NA	H.saltator
Heterocephalus_glaber	Heterocephalus glaber	10181	H.glaber	NA	H.glaber
Homo_sapiens	Homo sapiens	9606	H.sapiens	HOMSA	H.sapiens
Hordeum_vulgare	Hordeum vulgare	112509	H.vulgare	NA	H.vulgare
Hyaloperonospora_arabidopsidis	Hyaloperonospora arabidopsidis	559515	H.arabidopsidis	NA	H.arabidopsidis
Hypocrea_virens	Hypocrea virens	413071	H.virens	NA	H.virens
Ichthyophthirius_multifiliis	Ichthyophthirius multifiliis	857967	I.multifiliis	NA	I.multifiliis
Ixodes_scapularis	Ixodes scapularis	6945	I.scapularis	IXOSC	I.scapularis
Kazachstania_africana	Kazachstania africana	1071382	K.africana	NA	K.africana
Kluyveromyces_lactis	Kluyveromyces lactis	284590	K.lactis	KLULA	K.lactis
Korarchaeum_cryptofilum	Korarchaeum cryptofilum	374847	K.cryptofilum	NA	K.cryptofilum
Laccaria_bicolor	Laccaria bicolor	486041	L.bicolor	NA	L.bicolor
Lachancea_thermotolerans	Lachancea thermotolerans	559295	L.thermotolerans	NA	L.thermotolerans
Latimeria_chalumnae	Latimeria chalumnae	7897	L.chalumnae	NA	L.chalumnae
Leishmania_braziliensis	Leishmania braziliensis	5660	L.braziliensis	NA	L.braziliensis
Leishmania_infantum	Leishmania infantum	5671	L.infantum	NA	L.infantum
Leishmania_major	Leishmania major	5664	L.major	LEIMA	L.major
Leptosphaeria_maculans	Leptosphaeria maculans	985895	L.maculans	NA	L.maculans
Leptospira_interrogans	Leptospira interrogans	189518	L.interrogans	NA	L.interrogans
Loa_loa	Loa loa	7209	L.loa	NA	L.loa
Lodderomyces_elongisporus	Lodderomyces elongisporus	379508	L.elongisporus	NA	L.elongisporus
Loxodonta_africana	Loxodonta africana	9785	L.africana	NA	L.africana
Macaca_mulatta	Macaca mulatta	9544	M.mulatta	MACMU	M.mulatta
Macrophomina_phaseolina	Macrophomina phaseolina	1126212	M.phaseolina	NA	M.phaseolina
Magnaporthe_oryzae	Magnaporthe oryzae	242507	M.oryzae	NA	M.oryzae
Malassezia_globosa	Malassezia globosa	425265	M.globosa	NA	M.globosa
Marssonina_brunnea	Marssonina brunnea	1072389	M.brunnea	NA	M.brunnea
Melampsora_larici_populina	Melampsora larici-populina	747676	M.larici-populina	NA	M.larici-populina
Meleagris_gallopavo	Meleagris gallopavo	9103	M.gallopavo	NA	M.gallopavo
Metarhizium_acridum	Metarhizium acridum	655827	M.acridum	NA	M.acridum
Methanocaldococcus_jannaschii	Methanocaldococcus jannaschii	243232	M.jannaschii	NA	M.jannaschii
Methanosarcina_acetivorans	Methanosarcina acetivorans	188937	M.acetivorans	NA	M.acetivorans
Meyerozyma_guilliermondii	Meyerozyma guilliermondii	294746	M.guilliermondii	NA	M.guilliermondii
Micromonas_sp	Micromonas sp.	296587	Micromonas.sp.	NA	Micromonas.sp.
Mixia_osmundae	Mixia osmundae	764103	M.osmundae	NA	M.osmundae
Moniliophthora_perniciosa	Moniliophthora perniciosa	554373	M.perniciosa	NA	M.perniciosa
Monodelphis_domestica	Monodelphis domestica	13616	M.domestica	MONDO	M.domestica
Monosiga_brevicollis	Monosiga brevicollis	81824	M.brevicollis	MONBR	M.brevicollis
Mus_musculus	Mus musculus	10090	M.musculus	MUSMU	M.musculus
Mustela_putorius_furo	Mustela putorius furo	9669	M.putorius	NA	M.putorius
Mycobacterium_tuberculosis	Mycobacterium tuberculosis	1773	M.tuberculosis	NA	M.tuberculosis
Mycosphaerella_graminicola	Mycosphaerella graminicola	336722	M.graminicola	NA	M.graminicola
Myotis_lucifugus	Myotis lucifugus	59463	M.lucifugus	NA	M.lucifugus
Naegleria_gruberi	Naegleria gruberi	5762	N.gruberi	NA	N.gruberi
Nasonia_vitripennis	Nasonia vitripennis	7425	N.vitripennis	NASVI	N.vitripennis
Naumovozyma_castellii	Naumovozyma castellii	1064592	N.castellii	NA	N.castellii
Nectria_haematococca	Nectria haematococca	660122	N.haematococca	NA	N.haematococca
Nematocida_parisii	Nematocida parisii	881290	N.parisii	NA	N.parisii
Nematostella_vectensis	Nematostella vectensis	45351	N.vectensis	NEMVE	N.vectensis
Neosartorya_fumigata	Neosartorya fumigata	330879	N.fumigata	ASPFU	N.fumigata
Neospora_caninum	Neospora caninum	572307	N.caninum	NA	N.caninum
Neurospora_crassa	Neurospora crassa	367110	N.crassa	NEUCR	N.crassa
Nomascus_leucogenys	Nomascus leucogenys	61853	N.leucogenys	NA	N.leucogenys
Nosema_ceranae	Nosema ceranae	578460	N.ceranae	NA	N.ceranae
Oikopleura_dioica	Oikopleura dioica	34765	O.dioica	NA	O.dioica
Oreochromis_niloticus	Oreochromis niloticus	8128	O.niloticus	NA	O.niloticus
Ornithorhynchus_anatinus	Ornithorhynchus anatinus	9258	O.anatinus	ORNAN	O.anatinus
Oryctolagus_cuniculus	Oryctolagus cuniculus	9986	O.cuniculus	NA	O.cuniculus
Oryza_sativa	Oryza sativa	39947	O.sativa	ORYSA	O.sativa
Oryzias_latipes	Oryzias latipes	8090	O.latipes	ORYLA	O.latipes
Ostreococcus_tauri	Ostreococcus tauri	70448	O.tauri	OSTTA	O.tauri
Otolemur_garnettii	Otolemur garnettii	30611	O.garnettii	NA	O.garnettii
Pan_troglodytes	Pan troglodytes	9598	P.troglodytes	PANTR	P.troglodytes
Paracoccidioides_brasiliensis	Paracoccidioides brasiliensis	482561	P.brasiliensis	NA	P.brasiliensis
Paramecium_tetraurelia	Paramecium tetraurelia	5888	P.tetraurelia	NA	P.tetraurelia
Pediculus_humanus	Pediculus humanus	121224	P.humanus	PEDPA	P.humanus
Penicillium_digitatum	Penicillium digitatum	1170229	P.digitatum	NA	P.digitatum
Perkinsus_marinus	Perkinsus marinus	423536	P.marinus	NA	P.marinus
Phaeodactylum_tricornutum	Phaeodactylum tricornutum	556484	P.tricornutum	NA	P.tricornutum
Phaeosphaeria_nodorum	Phaeosphaeria nodorum	321614	P.nodorum	STANO	P.nodorum
Phanerochaete_carnosa	Phanerochaete carnosa	650164	P.carnosa	NA	P.carnosa
Physcomitrella_patens	Physcomitrella patens	145481	P.patens	PHYPA	P.patens
Phytophthora_infestans	Phytophthora infestans	403677	P.infestans	NA	P.infestans
Phytophthora_ramorum	Phytophthora ramorum	164328	P.ramorum	PHYRA	P.ramorum
Phytophthora_sojae	Phytophthora sojae	1094619	P.sojae	PHYSO	P.sojae
Pichia_pastoris	Pichia pastoris	644223	K.pastoris	NA	K.pastoris
Pichia_sorbitophila	Pichia sorbitophila	559304	P.sorbitophila	NA	P.sorbitophila
Piriformospora_indica	Piriformospora indica	1109443	P.indica	NA	P.indica
Plasmodium_berghei	Plasmodium berghei	5823	P.berghei	NA	P.berghei
Plasmodium_chabaudi	Plasmodium chabaudi	5825	P.chabaudi	NA	P.chabaudi
Plasmodium_falciparum	Plasmodium falciparum	36329	P.falciparum	PLAFA	P.falciparum
Plasmodium_knowlesi	Plasmodium knowlesi	5851	P.knowlesi	NA	P.knowlesi
Plasmodium_vivax	Plasmodium vivax	126793	P.vivax	PLAVI	P.vivax
Plasmodium_yoelii_yoelii	Plasmodium yoelii yoelii	73239	P.yoelii	NA	P.yoelii
Pneumocystis_jirovecii	Pneumocystis jirovecii	1209962	P.jiroveci	NA	P.jiroveci
Polysphondylium_pallidum	Polysphondylium pallidum	13642	P.pallidum	NA	P.pallidum
Pongo_abelii	Pongo abelii	9601	P.abelii	NA	P.abelii
Populus_trichocarpa	Populus trichocarpa	3694	P.trichocarpa	POPTR	P.trichocarpa
Postia_placenta	Postia placenta	561896	P.placenta	NA	P.placenta
Pristionchus_pacificus	Pristionchus pacificus	54126	P.pacificus	PRIPA	P.pacificus
Pseudogymnoascus_destructans	Pseudogymnoascus destructans	658429	G.destructans	NA	G.destructans
Pseudomonas_aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	208964	P.aeruginosa	NA	P.aeruginosa
Pteropus_alecto	Pteropus alecto	9402	P.alecto	NA	P.alecto
Puccinia_graminis	Puccinia graminis	418459	P.graminis	PUCGR	P.graminis
Pyrenophora_tritici_repentis	Pyrenophora tritici-repentis	426418	P.tritici-repentis	NA	P.tritici-repentis
Pyrobaculum_aerophilum	Pyrobaculum aerophilum	178306	P.aerophilum	NA	P.aerophilum
Pyrococcus_kodakaraensis	Pyrococcus kodakaraensis	69014	P.kodakaraensis	NA	P.kodakaraensis
Pythium_ultimum	Pythium ultimum	65071	P.ultimum	NA	P.ultimum
Rattus_norvegicus	Rattus norvegicus	10116	R.norvegicus	RATNO	R.norvegicus
Rhizopus_delemar	Rhizopus delemar	246409	R.delemar	RHIOR	R.delemar
Rhodopirellula_baltica	Rhodopirellula baltica	243090	R.baltica	NA	R.baltica
Rhodotorula_glutinis	Rhodotorula glutinis	1001064	R.glutinis	NA	R.glutinis
Ricinus_communis	Ricinus communis	3988	R.communis	NA	R.communis
Saccharomyces_cerevisiae	Saccharomyces cerevisiae	559292	S.cerevisiae	SACCE	S.cerevisiae
Salpingoeca_sp	Salpingoeca sp.	946362	Salpingoeca.sp.	NA	Salpingoeca.sp.
Sarcophilus_harrisii	Sarcophilus harrisii	9305	S.harrisii	NA	S.harrisii
Scheffersomyces_stipitis	Scheffersomyces stipitis	322104	S.stipitis	NA	S.stipitis
Schistosoma_mansoni	Schistosoma mansoni	6183	S.mansoni	SCHMA	S.mansoni
Schizophyllum_commune	Schizophyllum commune	578458	S.commune	NA	S.commune
Schizosaccharomyces_pombe	Schizosaccharomyces pombe	284812	S.pombe	SCHPO	S.pombe
Sclerotinia_sclerotiorum	Sclerotinia sclerotiorum	665079	S.sclerotiorum	SCLSC	S.sclerotiorum
Selaginella_moellendorffii	Selaginella moellendorffii	88036	S.moellendorffii	NA	S.moellendorffii
Serpula_lacrymans	Serpula lacrymans	578457	S.lacrymans	NA	S.lacrymans
Setaria_italica	Setaria italica	4555	S.italica	NA	S.italica
Solanum_lycopersicum	Solanum lycopersicum	4081	S.lycopersicum	NA	S.lycopersicum
Solanum_tuberosum	Solanum tuberosum	4113	S.tuberosum	NA	S.tuberosum
Solenopsis_invicta	Solenopsis invicta	13686	S.invicta	NA	S.invicta
Sordaria_macrospora	Sordaria macrospora	771870	S.macrospora	NA	S.macrospora
Sorghum_bicolor	Sorghum bicolor	4558	S.bicolor	SORBI	S.bicolor
Spathaspora_passalidarum	Spathaspora passalidarum	619300	S.passalidarum	NA	S.passalidarum
Spermophilus_tridecemlineatus	Spermophilus tridecemlineatus	43179	S.tridecemlineatus	NA	S.tridecemlineatus
Sporisorium_reilianum	Sporisorium reilianum	999809	S.reilianum	NA	S.reilianum
Streptomyces_coelicolor	Streptomyces coelicolor	100226	S.coelicolor	NA	S.coelicolor
Strongylocentrotus_purpuratus	Strongylocentrotus purpuratus	7668	S.purpuratus	STRPU	S.purpuratus
Sulfolobus_solfataricus	Sulfolobus solfataricus	273057	S.solfataricus	NA	S.solfataricus
Sus_scrofa	Sus scrofa	9823	S.scrofa	NA	S.scrofa
Synechocystis_sp	Synechocystis sp.	1111708	Synechocystis.sp.	NA	Synechocystis.sp.
Taeniopygia_guttata	Taeniopygia guttata	59729	T.guttata	NA	T.guttata
Takifugu_rubripes	Takifugu rubripes	31033	T.rubripes	TAKRU	T.rubripes
Talaromyces_stipitatus	Talaromyces stipitatus	441959	T.stipitatus	NA	T.stipitatus
Tetrahymena_thermophila	Tetrahymena thermophila	312017	T.thermophila	TETTH	T.thermophila
Tetraodon_nigroviridis	Tetraodon nigroviridis	99883	T.nigroviridis	TETNI	T.nigroviridis
Tetrapisispora_blattae	Tetrapisispora blattae	1071380	T.blattae	NA	T.blattae
Thalassiosira_pseudonana	Thalassiosira pseudonana	35128	T.pseudonana	THAPS	T.pseudonana
Theileria_annulata	Theileria annulata	5874	T.annulata	THEAN	T.annulata
Theileria_parva	Theileria parva	5875	T.parva	THEPA	T.parva
Thermodesulfovibrio_yellowstonii	Thermodesulfovibrio yellowstonii	289376	T.yellowstonii	NA	T.yellowstonii
Thermotoga_maritima	Thermotoga maritima	243274	T.maritima	NA	T.maritima
Thielavia_heterothallica	Thielavia heterothallica	573729	T.heterothallica	NA	T.heterothallica
Torulaspora_delbrueckii	Torulaspora delbrueckii	1076872	T.delbrueckii	NA	T.delbrueckii
Toxoplasma_gondii	Toxoplasma gondii	5811	T.gondii	NA	T.gondii
Trachipleistophora_hominis	Trachipleistophora hominis	72359	T.hominis	NA	T.hominis
Tribolium_castaneum	Tribolium castaneum	7070	T.castaneum	TRICA	T.castaneum
Trichinella_spiralis	Trichinella spiralis	6334	T.spiralis	NA	T.spiralis
Trichomonas_vaginalis	Trichomonas vaginalis	5722	T.vaginalis	TRIVA	T.vaginalis
Trichophyton_rubrum	Trichophyton rubrum	559305	T.rubrum	NA	T.rubrum
Trichoplax_adhaerens	Trichoplax adhaerens	10228	T.adhaerens	TRIAD	T.adhaerens
Trichosporon_asahii	Trichosporon asahii	1186058	T.asahii	NA	T.asahii
Trypanosoma_brucei_brucei	Trypanosoma brucei brucei	999953	T.brucei	NA	T.brucei
Trypanosoma_cruzi	Trypanosoma cruzi	5693	T.cruzi	TRYCR	T.cruzi
Tuber_melanosporum	Tuber melanosporum	656061	T.melanosporum	NA	T.melanosporum
Tupaia_chinensis	Tupaia chinensis	246437	T.chinensis	NA	T.chinensis
Uncinocarpus_reesii	Uncinocarpus reesii	336963	U.reesii	NA	U.reesii
Ustilago_maydis	Ustilago maydis	237631	U.maydis	USTMA	U.maydis
Vanderwaltozyma_polyspora	Vanderwaltozyma polyspora	436907	V.polyspora	NA	V.polyspora
Vavraia_culicis	Vavraia culicis	948595	V.culicis	NA	V.culicis
Verticillium_dahliae	Verticillium dahliae	498257	V.dahliae	NA	V.dahliae
Vitis_vinifera	Vitis vinifera	29760	V.vinifera	NA	V.vinifera
Vittaforma_corneae	Vittaforma corneae	993615	V.corneae	NA	V.corneae
Volvox_carteri	Volvox carteri	3067	V.carteri	NA	V.carteri
Wallemia_sebi	Wallemia sebi	671144	W.sebi	NA	W.sebi
Wickerhamomyces_ciferrii	Wickerhamomyces ciferrii	1206466	W.ciferrii	NA	W.ciferrii
Wuchereria_bancrofti	Wuchereria bancrofti	6293	W.bancrofti	NA	W.bancrofti
Xenopus_tropicalis	Xenopus tropicalis	8364	X.tropicalis	XENTR	X.tropicalis
Xiphophorus_maculatus	Xiphophorus maculatus	8083	X.maculatus	NA	X.maculatus
Yarrowia_lipolytica	Yarrowia lipolytica	284591	Y.lipolytica	YARLI	Y.lipolytica
Zygosaccharomyces_rouxii	Zygosaccharomyces rouxii	559307	Z.rouxii	NA	Z.rouxii