/usr/include/libGkArrays-2.1.0/bitvector.hxx is in libgkarrays-dev 2.1.0+dfsg-1.
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* *
* Copyright © 2010-2013 -- IRB/INSERM *
* (Institut de Recherches en Biothérapie / *
* Institut National de la Santé et de la Recherche *
* Médicale) *
* LIFL/INRIA *
* (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de *
* Lille / Institut National de Recherche en *
* Informatique et Automatique) *
* LIRMM/CNRS *
* (Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de *
* Microélectronique de Montpellier / *
* Centre National de la Recherche Scientifique) *
* LITIS *
* (Laboratoire d'Informatique, du Traitement de *
* l'Information et des Systèmes). *
* *
* *
* Auteurs/Authors: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr> *
* Mikaël SALSON <mikael.salson@lifl.fr> *
* Thierry LECROQ <thierry.lecroq@univ-rouen.fr> *
* Martine LÉONARD <Martine.Leonard@univ-rouen.fr> *
* Éric RIVALS <eric.rivals@lirmm.fr> *
* *
* Programmeurs *
* /Progammers: *
* Alban MANCHERON <alban.mancheron@lirmm.fr> *
* *
* Contact: Gk-Arrays list <crac-gkarrays@lists.gforge.inria.fr> *
* *
* ------------------------------------------------------------------------- *
* *
* Ce fichier fait partie de la librairie Gk-arrays. *
* *
* La librairie Gk-arrays a pour objectif d'indexer de grands ensembles de *
* lectures de séquences issues du séquençage haut-débit. *
* *
* Ce logiciel est régi par la licence CeCILL-C soumise au droit français et *
* respectant les principes de diffusion des logiciels libres. Vous pouvez *
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* utilisateurs sont donc invités à charger et tester l'adéquation du *
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* sécurité de leurs systêmes et ou de leurs données et, plus généralement, *
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* pris connaissance de la licence CeCILL-C, et que vous en avez accepté les *
* termes. *
* *
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* This File is part of the Gk-arrays library. *
* *
* The Gk-arrays library aims at indexing k-factors from a huge set of *
* sequencing reads. *
* *
* This software is governed by the CeCILL-C license under French law and *
* abiding by the rules of distribution of free software. You can use, *
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* encouraged to load and test the software's suitability as regards their *
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* conditions as regards security. *
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* The fact that you are presently reading this means that you have had *
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* *
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#ifndef __BITVECTOR_HXX__
#define __BITVECTOR_HXX__
#include "largebinvect.hxx"
template <typename CountWordSize = unsigned char, typename InnerWordSize = unsigned char>
class BitVector {
private:
InnerWordSize nb_bits;
LargeBinVect<InnerWordSize> data;
public:
// Constructors
BitVector(const CountWordSize length = 0, const InnerWordSize nb_bits = sizeof(InnerWordSize)*8);
BitVector(const BitVector &v);
// Destructors
~BitVector();
// Operators
inline BitVector &operator=(const BitVector &v);
// [ReadOnly] Access bit at position i (>= 0, < length)
// LargeBinVect<InnerWordSize> operator[](const CountWordSize i) const;
inline LargeBinVect<InnerWordSize> operator[](const CountWordSize i) const;
// mostly equivalent of cast of to operator[]
inline unsigned long int GetValue(const CountWordSize i) const;
// Set value at position i (>= 0, < length) to value (bit-to-bit version)
inline BitVector &OldSetValue(const CountWordSize i, const InnerWordSize value);
// Set value at position i (>= 0, < length) to value
inline BitVector &SetValue(const CountWordSize i, const InnerWordSize value);
// Clear the vector
inline BitVector &Clear();
// Resize the vector according to length and set all new elements to 0 (if any)
inline BitVector &Resize(const CountWordSize length);
// Resize the vector according to length and nb_bits (doesn't clear the values)
inline BitVector &CompleteResize(const CountWordSize length, const InnerWordSize nb_bits);
// Get vector length.
inline CountWordSize GetLength() const;
// Get vector length in bits.
inline InnerWordSize GetBitLength() const;
/**
* @param w: the maximal value to be inserted
* @return the minimal number of bits to represent w
*/
static InnerWordSize GetMinimalBit(InnerWordSize w);
};
#include "bitvector.cxx"
#endif
|