/usr/lib/R/site-library/annotate/doc/useProbeInfo.R is in r-bioc-annotate 1.56.1+dfsg-1.
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### code chunk number 1: loadlibs
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library("annotate")
library("rae230a.db")
library("rae230aprobe")
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### code chunk number 2: selprobe
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ps = names(as.list(rae230aACCNUM))
myp = ps[1001]
myA = get(myp, rae230aACCNUM)
wp = rae230aprobe$Probe.Set.Name == myp
myPr = rae230aprobe[wp,]
###################################################
### code chunk number 3: getACC
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myseq = getSEQ(myA)
nchar(myseq)
library("Biostrings")
mybs = DNAString(myseq)
match1 = matchPattern(as.character(myPr[1,1]), mybs)
match1
as.matrix(ranges(match1))
myPr[1,5]
###################################################
### code chunk number 4: getRev
###################################################
myp = ps[100]
myA = get(myp, rae230aACCNUM)
wp = rae230aprobe$Probe.Set.Name == myp
myPr = rae230aprobe[wp,]
myseq = getSEQ(myA)
mybs = DNAString(myseq)
Prstr = as.character(myPr[1,1])
match2 = matchPattern(Prstr, mybs)
## expecting 0 (no match)
length(match2)
match2 = matchPattern(reverseComplement(DNAString(Prstr)), mybs)
nchar(match2)
nchar(myseq) - as.matrix(ranges(match2))
myPr[1,5]
###################################################
### code chunk number 5: useProbeInfo.Rnw:159-160
###################################################
sessionInfo()
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