/usr/lib/R/site-library/GenomicAlignments/doc/GenomicAlignmentsIntroduction.R is in r-bioc-genomicalignments 1.14.1-1.
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### Encoding: UTF-8
###################################################
### code chunk number 1: options
###################################################
options(width=72)
###################################################
### code chunk number 2: biocLite (eval = FALSE)
###################################################
## source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("GenomicAlignments")
###################################################
### code chunk number 3: initialize
###################################################
library(GenomicAlignments)
###################################################
### code chunk number 4: readGAlignments
###################################################
library(GenomicAlignments)
aln1_file <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools")
aln1 <- readGAlignments(aln1_file)
aln1
length(aln1)
###################################################
### code chunk number 5: accessors
###################################################
head(seqnames(aln1))
seqlevels(aln1)
head(strand(aln1))
head(cigar(aln1))
head(qwidth(aln1))
head(start(aln1))
head(end(aln1))
head(width(aln1))
head(njunc(aln1))
###################################################
### code chunk number 6: SessionInfo
###################################################
sessionInfo()
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