/usr/lib/R/site-library/HilbertVis/doc/HilbertVis.R is in r-bioc-hilbertvis 1.36.0-1.
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### code chunk number 1: setSeed
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set.seed(271828)
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### code chunk number 2: HilbertVis.Rnw:49-51
###################################################
library( HilbertVis )
vec <- makeRandomTestData( )
###################################################
### code chunk number 3: HilbertVis.Rnw:55-56
###################################################
length(vec)
###################################################
### code chunk number 4: plotLongVector
###################################################
plotLongVector( vec )
###################################################
### code chunk number 5: zoomIn
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start <- 1500000
plotLongVector( vec[ start + 0:100000 ], offset=start )
###################################################
### code chunk number 6: HilbertCurves
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library( grid )
pushViewport( viewport( layout=grid.layout( 2, 2 ) ) )
for( i in 1:4 ) {
pushViewport( viewport(
layout.pos.row=1+(i-1)%/%2, layout.pos.col=1+(i-1)%%2 ) )
plotHilbertCurve( i, new.page=FALSE )
popViewport( )
}
###################################################
### code chunk number 7: HilbertVis.Rnw:191-192
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hMat <- hilbertImage( vec )
###################################################
### code chunk number 8: HilbertVis.Rnw:204-205 (eval = FALSE)
###################################################
## showHilbertImage( hMat )
###################################################
### code chunk number 9: HilbertTest
###################################################
show( showHilbertImage( hMat ) )
###################################################
### code chunk number 10: HilbertVis.Rnw:218-219 (eval = FALSE)
###################################################
## showHilbertImage( hMat, mode="EBImage" )
###################################################
### code chunk number 11: HilbertVis.Rnw:237-238 (eval = FALSE)
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## library( HilbertVisGUI )
###################################################
### code chunk number 12: HilbertVis.Rnw:241-242 (eval = FALSE)
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## hilbertDisplay( vec )
###################################################
### code chunk number 13: HilbertVis.Rnw:277-282 (eval = FALSE)
###################################################
## dumpDataInsteadOfPlotting <- function( data, info ) {
## str( data )
## print( info )
## }
## hilbertDisplay( vec, plotFunc=dumpDataInsteadOfPlotting )
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### code chunk number 14: HilbertVis.Rnw:320-322
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vec2 <- vec
vec2[ 7000000 : 8000000 ] <- vec[ 7010000 : 8010000 ]
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### code chunk number 15: HilbertVis.Rnw:327-328 (eval = FALSE)
###################################################
## hilbertDisplay( vec, vec2 )
###################################################
### code chunk number 16: HilbertVis.Rnw:346-348 (eval = FALSE)
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## hilbertDisplayThreeChannel(
## vec / max(vec), vec2 / max(vec), rep( 0, length(vec) ) )
###################################################
### code chunk number 17: HilbertVis.Rnw:438-439
###################################################
sessionInfo()
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