/usr/lib/R/site-library/rtracklayer/demo/targets.R is in r-bioc-rtracklayer 1.38.0-1build1.
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### chunk number 1: rtl-init
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library(rtracklayer)
data(targets)
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### chunk number 2: rtl-miRNA-track
###################################################
targetTrack <- makeGRangesFromDataFrame(targets,
keep.extra.columns=TRUE)
###################################################
### chunk number 3: rtl-export eval=FALSE
###################################################
## export(targetTrack, "targets.wig")
###################################################
### chunk number 4: rtl-ucsc-start
###################################################
session <- browserSession()
###################################################
### chunk number 5: rtl-ucsc-lay
###################################################
session$targets <- targetTrack
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### chunk number 6: rtl-ucsc-view eval=FALSE
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top <- targetTrack$target == targets$target[1]
range <- ranges(targetTrack[top,]) * -10
view <- browserView(session, range,
hide = c("refGene", "mgcFullMrna", "intronEst"),
dense = "knownGene", squish = "cons44way")
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