This file is indexed.

/usr/lib/R/site-library/ShortRead/unitTests/cases/soap.txt is in r-bioc-shortread 1.36.0-1.

This file is owned by root:root, with mode 0o644.

The actual contents of the file can be viewed below.

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
SIMU_0001_00000081/1	TGTACAGTATGTGAAGAGATTTGTTCTGAACCAAA	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	2210	0
SIMU_0001_00000081/2	CATGCCCATGACACTACCTCAGGAGGTCCTGACAG	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	2708	1	G->15A40
SIMU_0001_00000082/1	GTATAAAAAGAAAAATGTTTATTAAACTTCTATAG	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	50653	2	C->2A40	C->9G40
SIMU_0001_00000082/2	GACATTCTTTAAAGTTTCACTTAAAAGATCTGCAA	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	51126	0
SIMU_0001_00000083/1	ATAGAGGGAGTGGAGTAGAGGAAAAGCCAATGATT	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	20925	0
SIMU_0001_00000083/2	TCTGCGCTCACTATTAAATAAGAATGACCAGGAGA	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	21371	0
SIMU_0001_00000084/1	AGACCCCAGGTGGATGCATTGGTCCTAGGTAAACA	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	45408	0
SIMU_0001_00000084/2	GCCGCAGGTGCCTCACCTCTACTCCCTGAAACCTC	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	45856	1	A->3G40
SIMU_0001_00000085/1	TAAATTTAAAAATGAGAGAGAAATAAAGAAGGAGA	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	57096	0
SIMU_0001_00000085/2	ATATTTCAGACATCCAAAGAGAGAAAGAAAAGTCA	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	57516	1	A->6C40
SIMU_0001_00000086/1	TAGGCTTAAGGACAGTGGCAAACATGGCCTCTGCC	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	6075	1	T->7A40
SIMU_0001_00000086/2	AGCTGTCCAAACACCTTATCTTTTCATCTCTGACC	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	6526	0
SIMU_0001_00000087/1	ACCACTGAGGCCCGCTTTCCCTGCTGAGGGGGGGG	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	6827	0
SIMU_0001_00000087/2	ATCACATCACCAGGAGGGTGTAGAAATCTGTAGTT	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	7278	0
SIMU_0001_00000088/1	GACTATCTGAGTAACTCTTTCAAAAAGAATTGTCC	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	88610	1	G->9A40
SIMU_0001_00000088/2	TTTCAATGATGTTCCAATTTTCTAAAATATAATAT	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	89058	2	G->21C40	A->19T40
SIMU_0001_00000089/1	GAACTACAAAATTAGAGATCATCATAGCTATATTG	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	91226	0
SIMU_0001_00000089/2	AGGCTATGAAGTGTTGCACGTGATAATCCAAGCAT	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	91679	1	A->7G40
SIMU_0001_00000091/1	CTCGCCAAGGCAACACAATGTAGCAGTCTCTCTTG	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	31544	0
SIMU_0001_00000091/2	CAGGCAGACAGCTTCCCTGAGAACCAGTCTCTTAC	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	b	35	-	refseq	32056	0
SIMU_0001_00000092/1	TCTGAAACAACCTTTATTCTCTTGAGAGTTAATAT	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	1	a	35	+	refseq	63491	1	C->34T40