/usr/lib/emboss/include/embindex.h is in emboss-lib 6.3.1-6ubuntu3.
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extern "C"
{
#endif
#ifndef embindex_h
#define embindex_h
#define BTREE_DEF_IDLEN 15
#define BTREE_DEF_ACLEN 15
#define BTREE_DEF_SVLEN 15
#define BTREE_DEF_KWLEN 15
#define BTREE_DEF_DELEN 15
#define BTREE_DEF_TXLEN 15
#define BTREE_DEF_KWLIMIT 15
#define BTREE_DEF_CACHESIZE 100
#define BTREE_DEF_PAGESIZE 2048
/* @data EmbPBtreeEntry *******************************************************
**
** Index tree entries
**
** @alias EmbSBtreeEntry
**
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** @attr ac [AjPList] Undocumented
** @attr sv [AjPList] Undocumented
** @attr tx [AjPList] Undocumented
** @attr kw [AjPList] Undocumented
** @attr de [AjPList] Undocumented
******************************************************************************/
typedef struct EmbSBtreeEntry
{
AjBool do_id;
AjBool do_accession;
AjBool do_sv;
AjBool do_description;
AjBool do_keyword;
AjBool do_taxonomy;
AjPStr dbname;
AjPStr dbrs;
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AjPStr date;
AjPStr dbtype;
AjPStr directory;
AjPStr idirectory;
AjPList files;
AjPList reffiles;
ajuint nfiles;
ajuint cachesize;
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ajuint idlen;
ajuint aclen;
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ajuint delen;
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ajuint svsecorder;
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ajuint kwfill;
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ajuint txsecorder;
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ajuint Padding;
AjPBtcache idcache;
AjPBtcache accache;
AjPBtcache svcache;
AjPBtcache kwcache;
AjPBtcache decache;
AjPBtcache txcache;
ajlong fpos;
ajlong reffpos;
AjPStr id;
AjPList ac;
AjPList sv;
AjPList tx;
AjPList kw;
AjPList de;
} EmbOBtreeEntry;
#define EmbPBtreeEntry EmbOBtreeEntry*
/*
** Prototype definitions
*/
void embBtreeEmblAC(const AjPStr acline, AjPList aclist);
void embBtreeEmblKW(const AjPStr kwline, AjPList kwlist, ajuint maxlen);
void embBtreeEmblDE(const AjPStr deline, AjPList delist, ajuint maxlen);
void embBtreeEmblSV(const AjPStr idline, AjPList svlist);
void embBtreeEmblTX(const AjPStr kwline, AjPList kwlist, ajuint maxlen);
void embBtreeGenBankAC(const AjPStr acline, AjPList aclist);
void embBtreeGenBankKW(const AjPStr kwline, AjPList kwlist, ajuint maxlen);
void embBtreeGenBankDE(const AjPStr kwline, AjPList kwlist, ajuint maxlen);
void embBtreeGenBankTX(const AjPStr kwline, AjPList kwlist, ajuint maxlen);
void embBtreeFastaDE(const AjPStr kwline, AjPList kwlist, ajuint maxlen);
void embBtreeFastaSV(const AjPStr kwline, AjPList kwlist, ajuint maxlen);
ajuint embBtreeReadDir(AjPStr **filelist, const AjPStr fdirectory,
const AjPStr files, const AjPStr exclude);
EmbPBtreeEntry embBtreeEntryNew(void);
ajuint embBtreeSetFields(EmbPBtreeEntry entry, AjPStr const * fields);
void embBtreeEntryDel(EmbPBtreeEntry *thys);
void embBtreeSetDbInfo(EmbPBtreeEntry entry, const AjPStr name,
const AjPStr dbrs,
const AjPStr date, const AjPStr release,
const AjPStr type, const AjPStr directory,
const AjPStr idirectory);
ajuint embBtreeGetFiles(EmbPBtreeEntry entry, const AjPStr fdirectory,
const AjPStr files, const AjPStr exclude);
AjBool embBtreeWriteEntryFile(const EmbPBtreeEntry entry);
void embBtreeGetRsInfo(EmbPBtreeEntry entry);
AjBool embBtreeOpenCaches(EmbPBtreeEntry entry);
AjBool embBtreeCloseCaches(EmbPBtreeEntry entry);
AjBool embBtreeDumpParameters(EmbPBtreeEntry entry);
void embIndexExit(void);
/*
** End of prototype definitions
*/
#if 0
AjBool embBtreeProbeCaches(EmbPBtreeEntry entry);
#endif
#endif
#ifdef __cplusplus
}
#endif
|