/usr/lib/R/site-library/bio3d/matrices/custom.mat is in r-other-bio3d 1.1-5-1build1.
This file is owned by root:root, with mode 0o644.
The actual contents of the file can be viewed below.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 | A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
A 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
R -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
N -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
D -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
C -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
Q -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
E -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
G -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
H -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
I -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
L -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
K -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
M -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
F -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
P -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
S -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
T -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 -1 5 -4
W -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 -1 5 -4
Y -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 -1 5 -4
V -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 -1 5 -4
B -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 -1 5 -4
Z -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 8 5 -4
X 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 9 -3
* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -3 1
|