/usr/lib/R/site-library/Biobase/doc/esApply.R is in r-bioc-biobase 2.20.0-1build1.
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### code chunk number 1: R.hide
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library(Biobase)
data(sample.ExpressionSet)
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### code chunk number 2: R
###################################################
print(sample.ExpressionSet)
print(exprs(sample.ExpressionSet)[1,])
print(pData(sample.ExpressionSet)[1:2,1:3])
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### code chunk number 3: R
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print(rbind(exprs(sample.ExpressionSet[1,]),
sex <- t(pData(sample.ExpressionSet))[1,]))
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### code chunk number 4: R
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medContr <- function( y, x ) {
ys <- split(y,x)
median(ys[[1]]) - median(ys[[2]])
}
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### code chunk number 5: R
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print(apply(exprs(sample.ExpressionSet[1,,drop=F]), 1,
medContr, pData(sample.ExpressionSet)[["sex"]]))
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### code chunk number 6: R
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medContr1 <- function(y) {
ys <- split(y,sex)
median(ys[[1]]) - median(ys[[2]])
}
print(esApply( sample.ExpressionSet, 1, medContr1)[1])
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### code chunk number 7: esApply.Rnw:126-127
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sessionInfo()
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