/usr/share/bedtools/test/multicov/test-multicov.sh is in bedtools-test 2.25.0-1.
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BT=${BT-../../bin/bedtools}
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
echo fail
fi
}
samtools view -Sb one_block.sam > one_block.bam 2>/dev/null
samtools view -Sb two_blocks.sam > two_blocks.bam 2>/dev/null
samtools index one_block.bam
samtools index two_blocks.bam
##################################################################
# Test one block matches all BEDs
##################################################################
echo " multicov.t1...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 1
chr1 15 27 a2 2 + 1
chr1 15 20 a3 3 - 1
chr1 15 27 a4 4 - 1" > exp
$BT multicov -bams one_block.bam -bed multicov.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test one block matches based on _same_ strand
##################################################################
echo " multicov.t2...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 0
chr1 15 27 a2 2 + 0
chr1 15 20 a3 3 - 1
chr1 15 27 a4 4 - 1" > exp
$BT multicov -bams one_block.bam -bed multicov.bed -s > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test one block matches based on _different_ strands
##################################################################
echo " multicov.t3...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 1
chr1 15 27 a2 2 + 1
chr1 15 20 a3 3 - 0
chr1 15 27 a4 4 - 0" > exp
$BT multicov -bams one_block.bam -bed multicov.bed -S > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test split alignment matches
##################################################################
echo " multicov.t4...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 1
chr1 15 27 a2 2 + 1
chr1 15 20 a3 3 - 1
chr1 15 27 a4 4 - 1" > exp
$BT multicov -bams two_blocks.bam -bed multicov.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test split alignment matches with -split
##################################################################
echo " multicov.t5...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 0
chr1 15 27 a2 2 + 1
chr1 15 20 a3 3 - 0
chr1 15 27 a4 4 - 1" > exp
$BT multicov -bams two_blocks.bam -bed multicov.bed -split > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test split alignment matches with -split and -s
##################################################################
echo " multicov.t6...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 0
chr1 15 27 a2 2 + 0
chr1 15 20 a3 3 - 0
chr1 15 27 a4 4 - 1" > exp
$BT multicov -bams two_blocks.bam -bed multicov.bed -split -s > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test split alignment matches with -split and -S
##################################################################
echo " multicov.t7...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 0
chr1 15 27 a2 2 + 1
chr1 15 20 a3 3 - 0
chr1 15 27 a4 4 - 0" > exp
$BT multicov -bams two_blocks.bam -bed multicov.bed -split -S > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test split alignment matches with -split and -f
##################################################################
echo " multicov.t8...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 0
chr1 15 27 a2 2 + 1
chr1 15 20 a3 3 - 0
chr1 15 27 a4 4 - 1" > exp
$BT multicov -bams two_blocks.bam -bed multicov.bed -split -f 0.01 > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test split alignment matches with -split and -f
##################################################################
echo " multicov.t9...\c"
echo \
"chr1 15 20 a1 1 + 0
chr1 15 27 a2 2 + 0
chr1 15 20 a3 3 - 0
chr1 15 27 a4 4 - 0" > exp
$BT multicov -bams two_blocks.bam -bed multicov.bed -split -f 0.10 > obs
check obs exp
rm obs exp
rm *.bam
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