r-bioc-biostrings 2.38.0-1 / usr / lib / R / site-library / Biostrings / doc / MultipleAlignments.R

This file is indexed.

/usr/lib/R/site-library/Biostrings/doc/MultipleAlignments.R is in r-bioc-biostrings 2.38.0-1.

This file is owned by root:root, with mode 0o644.

The actual contents of the file can be viewed below. 

  1
  2
  3
  4
  5
  6
  7
  8
  9
 10
 11
 12
 13
 14
 15
 16
 17
 18
 19
 20
 21
 22
 23
 24
 25
 26
 27
 28
 29
 30
 31
 32
 33
 34
 35
 36
 37
 38
 39
 40
 41
 42
 43
 44
 45
 46
 47
 48
 49
 50
 51
 52
 53
 54
 55
 56
 57
 58
 59
 60
 61
 62
 63
 64
 65
 66
 67
 68
 69
 70
 71
 72
 73
 74
 75
 76
 77
 78
 79
 80
 81
 82
 83
 84
 85
 86
 87
 88
 89
 90
 91
 92
 93
 94
 95
 96
 97
 98
 99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
### R code from vignette source 'MultipleAlignments.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: objectCreation
###################################################
library(Biostrings)
origMAlign <-
  readDNAMultipleAlignment(filepath =
                           system.file("extdata",
                                       "msx2_mRNA.aln",
                                       package="Biostrings"),
                           format="clustal")

phylipMAlign <-
  readAAMultipleAlignment(filepath =
                          system.file("extdata",
                                      "Phylip.txt",
                                      package="Biostrings"),
                          format="phylip")


###################################################
### code chunk number 2: renameRows
###################################################
rownames(origMAlign)
rownames(origMAlign) <- c("Human","Chimp","Cow","Mouse","Rat",
                          "Dog","Chicken","Salmon")
origMAlign


###################################################
### code chunk number 3: detail (eval = FALSE)
###################################################
## detail(origMAlign)


###################################################
### code chunk number 4: usingMasks
###################################################
maskTest <- origMAlign
rowmask(maskTest) <- IRanges(start=1,end=3)
rowmask(maskTest)
maskTest

colmask(maskTest) <- IRanges(start=c(1,1000),end=c(500,2343))
colmask(maskTest)
maskTest


###################################################
### code chunk number 5: nullOut masks
###################################################
rowmask(maskTest) <- NULL
rowmask(maskTest)
colmask(maskTest) <- NULL
colmask(maskTest)
maskTest


###################################################
### code chunk number 6: invertMask
###################################################
rowmask(maskTest, invert=TRUE) <- IRanges(start=4,end=8)
rowmask(maskTest)
maskTest
colmask(maskTest, invert=TRUE) <- IRanges(start=501,end=999)
colmask(maskTest)
maskTest


###################################################
### code chunk number 7: setup
###################################################
## 1st lets null out the masks so we can have a fresh start.
colmask(maskTest) <- NULL
rowmask(maskTest) <- NULL


###################################################
### code chunk number 8: appendMask
###################################################
## Then we can demonstrate how the append argument works
rowmask(maskTest) <- IRanges(start=1,end=3)
maskTest

rowmask(maskTest,append="intersect") <- IRanges(start=2,end=5)
maskTest

rowmask(maskTest,append="replace") <- IRanges(start=5,end=8)
maskTest

rowmask(maskTest,append="replace",invert=TRUE) <- IRanges(start=5,end=8)
maskTest

rowmask(maskTest,append="union") <- IRanges(start=7,end=8)
maskTest


###################################################
### code chunk number 9: maskMotif
###################################################
tataMasked <- maskMotif(origMAlign, "TATA")
colmask(tataMasked)


###################################################
### code chunk number 10: maskGaps
###################################################
autoMasked <- maskGaps(origMAlign, min.fraction=0.5, min.block.width=4)
autoMasked


###################################################
### code chunk number 11: asmatrix
###################################################
full = as.matrix(origMAlign)
dim(full)
partial = as.matrix(autoMasked)
dim(partial)


###################################################
### code chunk number 12: alphabetFreq
###################################################
alphabetFrequency(autoMasked)


###################################################
### code chunk number 13: consensus
###################################################
consensusMatrix(autoMasked, baseOnly=TRUE)[, 84:90]
substr(consensusString(autoMasked),80,130)
consensusViews(autoMasked)


###################################################
### code chunk number 14: cluster
###################################################
sdist <- stringDist(as(origMAlign,"DNAStringSet"), method="hamming")
clust <- hclust(sdist, method = "single")
pdf(file="badTree.pdf")
plot(clust)
dev.off()


###################################################
### code chunk number 15: cluster2
###################################################
sdist <- stringDist(as(autoMasked,"DNAStringSet"), method="hamming")
clust <- hclust(sdist, method = "single")
pdf(file="goodTree.pdf")
plot(clust)
dev.off()
fourgroups <- cutree(clust, 4)
fourgroups


###################################################
### code chunk number 16: fastaExample (eval = FALSE)
###################################################
## DNAStr = as(origMAlign, "DNAStringSet")
## writeXStringSet(DNAStr, file="myFile.fa")


###################################################
### code chunk number 17: write.phylip (eval = FALSE)
###################################################
## write.phylip(phylipMAlign, filepath="myFile.txt")


###################################################
### code chunk number 18: sessinfo
###################################################
sessionInfo()

APT Browse - Built by Thomas Orozco.