/usr/lib/R/site-library/phangorn/doc/Ancestral.R is in r-cran-phangorn 1.99.14-1.
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### code chunk number 1: Ancestral.Rnw:44-46
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options(width=70)
foo <- packageDescription("phangorn")
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### code chunk number 2: Ancestral.Rnw:61-66
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library(phangorn)
primates = read.phyDat("primates.dna", format = "phylip", type = "DNA")
tree = pratchet(primates, trace=0)
tree = acctran(tree, primates)
parsimony(tree, primates)
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### code chunk number 3: Ancestral.Rnw:72-74
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anc.acctran = ancestral.pars(tree, primates, "ACCTRAN")
anc.mpr = ancestral.pars(tree, primates, "MPR")
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### code chunk number 4: plotLOGO
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tmp <- require(seqLogo)
if(tmp) seqLogo( t(subset(anc.mpr, getRoot(tree), 1:20)[[1]]), ic.scale=FALSE)
###################################################
### code chunk number 5: figLOGO
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
tmp <- require(seqLogo)
if(tmp) seqLogo( t(subset(anc.mpr, getRoot(tree), 1:20)[[1]]), ic.scale=FALSE)
###################################################
### code chunk number 6: Ancestral.Rnw:93-95
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options(SweaveHooks=list(fig=function()
par(mar=c(2.1, 4.1, 2.1, 2.1))))
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### code chunk number 7: plotMPR
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par(mfrow=c(2,1))
plotAnc(tree, anc.mpr, 17)
title("MPR")
plotAnc(tree, anc.acctran, 17)
title("ACCTRAN")
###################################################
### code chunk number 8: figMPR
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(2,1))
plotAnc(tree, anc.mpr, 17)
title("MPR")
plotAnc(tree, anc.acctran, 17)
title("ACCTRAN")
###################################################
### code chunk number 9: Ancestral.Rnw:122-124
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fit = pml(tree, primates)
fit = optim.pml(fit, model="F81", control = pml.control(trace=0))
###################################################
### code chunk number 10: Ancestral.Rnw:136-138
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anc.ml = ancestral.pml(fit, "ml")
anc.bayes = ancestral.pml(fit, "bayes")
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### code chunk number 11: plotMLB
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par(mfrow=c(2,1))
plotAnc(tree, anc.ml, 17)
title("ML")
plotAnc(tree, anc.bayes, 17)
title("Bayes")
###################################################
### code chunk number 12: figMLB
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(2,1))
plotAnc(tree, anc.ml, 17)
title("ML")
plotAnc(tree, anc.bayes, 17)
title("Bayes")
###################################################
### code chunk number 13: Ancestral.Rnw:162-163
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toLatex(sessionInfo())
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